Il Direttore è responsabile della gestione amministrativa dell'Agenzia, della supervisione complessiva delle sue attività, dell'attuazione e del raggiungimento degli obiettivi assegnati dall'Amministratore Unico e a tal fine coordina i Dirigenti.
Il Direttore esercita molteplici funzioni ed è in rapporto di stretta collaborazione con l'Amministratore Unico, coadiuvandolo nell'adozione delle scelte strategiche, nella definizione degli obiettivi e degli indirizzi dell'Agenzia nonché nell'adozione di tutti i provvedimenti di sua competenza. È datore di lavoro del personale dipendente dell'Agenzia ed è, altresì, datore di lavoro per la sicurezza ai sensi e per gli effetti del d.lgs. n. 81/2008.
Il Direttore formula proposte sia per l'adozione dei provvedimenti non di propria esclusiva competenza che in relazione al programma annuale e pluriennale di attività. Dirige, coordina e gestisce le funzioni amministrative e operative dell'Agenzia, di concerto con i Dirigenti dei settori e l'Amministratore Unico. Cura la realizzazione e lo sviluppo dell'organizzazione complessiva dell'Agenzia, al fine di assicurare efficienza, efficacia ed economicità delle attività della stessa, coordinando i Dirigenti dei singoli settori e assicurando l'esecuzione alle delibere dell'Amministratore Unico, interpretandole e operando le opportune scelte strategiche, trasmettendole ai Dirigenti e ai dipendenti tutti dei quali ne controlla la puntuale esecuzione in modo idoneo e funzionale al perseguimento degli obiettivi e dei risultati programmati dall'Amministratore Unico.